Resguardada no piso inferior da Igreja Colegiada, a cripta, ou capela do Marquês, aloja o túmulo do 4.º Conde de Ourém, esculpido por Diogo Pires o Velho. A cripta é organizada em abóbada, manifestando semelhanças com a sinagoga de Tomar. No tampo do mausoléu está a estátua jacente de D. Afonso, em que o seu rosto é considerado um dos mais bem esculpidos em Portugal antes do Renascimento. No topo da cabeceira estão as armas de D. Afonso, e aos pés estão cinzelados dois guindastes que içam uma faixa.